Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии) [Решено]

Ответить
Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии) [Решено]

Сообщение Артур_М » 31 дек 2023, 19:55

С наступающим, наступившим (у кого наступил) новым годом!
У меня установлен Rosa_mate_R11

Мне сделали снимок КТ аппаратом Planmeca ProMaxx. Несколько врачей, в разных городах, пытались открыть dicom файл. У них у всех был установлен windows и появлялось сообщение, о повреждении файла.

У себя на Rosa установил много бесплатных программ, для просмотра снимков компьютерной томографии. Все программы или открыли в срезе axial, или вообще ни чего не показали.

Только программа Weasis показала в двух срезах:
Axial, Coronal.
Sagittal не открыл.

Загрузил файл в программу:
File → Open Dicom → выбрал файл.
2D Viewer → Open in new tab → MPR

Оперативная память, во время загрузки файла, используется 7.7 Гб. После загрузки, при просмотре снимков 5.7 Гб.

Пожелание к разработчикам Rosa:
сделайте так, чтобы в трёх срезах показывала.
Последний раз редактировалось Артур_М 15 янв 2024, 08:35, всего редактировалось 4 раза.

irton
Сообщения: 647
Зарегистрирован: 30 окт 2021, 04:17
Operating system: Rosa Fresh Xfce

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение irton » 31 дек 2023, 20:01

А разработчики Роса причем? Обращайтесь к разработчикам программы в которой хотите видеть поддержку этих осей

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 31 дек 2023, 20:10

irton писал(а):
31 дек 2023, 20:01
А разработчики Роса причем? Обращайтесь к разработчикам программы в которой хотите видеть поддержку этих осей
В Rosa должна быть хотя бы одна программа, показывающая в трёх срезах, для того, чтобы ею пользовались, при просмотре Dicom файлов.
Эта статья не только пожелания к разработчикам, но и руководство для тех, кто не может посмотреть снимки КТ на windows

Аватара пользователя
VictorR2007
Сообщения: 7218
Зарегистрирован: 12 сен 2011, 13:00
Operating system: ROSA 2023.1
Откуда: Северодвинск

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение VictorR2007 » 31 дек 2023, 20:16

А онлайн просмотрщики DICOM Viewer не открывают?
https://www.imaios.com/ru/resursy/blog/ ... com-viewer

Аватара пользователя
VictorR2007
Сообщения: 7218
Зарегистрирован: 12 сен 2011, 13:00
Operating system: ROSA 2023.1
Откуда: Северодвинск

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение VictorR2007 » 31 дек 2023, 20:21

Артур_М писал(а):
31 дек 2023, 20:10
В Rosa должна быт хотя бы одна программа, показывающая в трёх срезах
А что, у других есть?
Они существуют для Линукс?
Или вы имеете ввиду, что Роса должна нанять программистов, чтобы они написали программу, и добавить её в репы?
Как-то непонятно, что вы имеете ввиду под «Должна».
Если есть ссылка на такую программу для Линукс, дайте ссылку,
и если у ней лицензия позволяет, можно добавить в репы.

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 31 дек 2023, 20:52

VictorR2007 писал(а):
31 дек 2023, 20:16
А онлайн просмотрщики DICOM Viewer не открывают?
https://www.imaios.com/ru/resursy/blog/ ... com-viewer
DICOM Library - на сайте https://www.dicomlibrary.com/ написано "Softneta прекратила поставки в Россию и Беларусь"
post Dicom - для 14 дневного бесплатного пользования.
IMAIOS DICOM Viewer - не загружает мой файл с облака.
Voxelx для 15 дневного бесплатного пользования.

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 31 дек 2023, 21:11

"А что, у других есть?
Они существуют для Линукс?"

Для ubuntu есть несколько.

"Или вы имеете ввиду, что Роса должна нанять программистов, чтобы они написали программу, и добавить её в репы?
Как-то непонятно, что вы имеете ввиду под «Должна»."

Мне, как пользователю, Rosa ничего не должна.

"Если есть ссылка на такую программу для Линукс, дайте ссылку,
и если у ней лицензия позволяет, можно добавить в репы."

Ищу в интернете такую работающую программу под Rosa. Нашёл только Weasis
https://weasis.org/en/getting-started/d ... m-viewer/

Аватара пользователя
VictorR2007
Сообщения: 7218
Зарегистрирован: 12 сен 2011, 13:00
Operating system: ROSA 2023.1
Откуда: Северодвинск

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение VictorR2007 » 31 дек 2023, 23:03

Вы можете цитировать не копируя текст.
Показал на рисунке.
Процитировали и ответили, потом выделили следующий текст для цитирования.
И т.д.
Вложения
Screenshot_20231231_230117.jpg

Аватара пользователя
VictorR2007
Сообщения: 7218
Зарегистрирован: 12 сен 2011, 13:00
Operating system: ROSA 2023.1
Откуда: Северодвинск

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение VictorR2007 » 31 дек 2023, 23:08

Артур_М писал(а):
31 дек 2023, 20:52
DICOM Library - на сайте https://www.dicomlibrary.com/ написано "Softneta прекратила поставки в Россию и Беларусь"
Вас остановила такая мелочь?
Как раз для решения таких проблем используется Tor-Browser https://tor-browser.ru/

Аватара пользователя
Sartorius
Сообщения: 497
Зарегистрирован: 02 ноя 2016, 20:39
Operating system: ROSA Fresh Desktop 12.2
Откуда: Из нашей Галактики

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Sartorius » 01 янв 2024, 21:35

Артур_М писал(а):
31 дек 2023, 21:11
Для ubuntu есть несколько.
Параллельно с Росой использую Ubuntu - нашёл под неё только программу Weasis, но она позовляет только "поштучно" просматривать файлы DICOM, не позволяя сделать их плавную прокрутку.
AMD FX-8350/ASUS SABERTOOTH 990FX/ASUS GTX-950/8 Gb RAM
"Боинг... [CENSORED], не летит... то ли шимпанзе, которую посадили за штурвал не выспалась, то ли гориллу надо было сажать. Но нет... это что-то с Боингом не так..." (с)

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 02 янв 2024, 07:27

Параллельно с Росой использую Ubuntu - нашёл под неё только программу Weasis, но она позовляет только "поштучно" просматривать файлы DICOM, не позволяя сделать их плавную прокрутку.
Здравствуй Sartorius.
Я тоже параллельно использую ubuntu mate 16.04. У меня работают две программы для просмотра dicom файлов:
  • Weasis
. В ней можно одновременно в трёх срезах смотреть снимок. Возможно вы неправильно пользуетесь программой. Выше я написал, как загрузить файл в программу и смотреть снимок. Навороченная программа, только недостаток есть. Потребляет более 5,7 Гб оперативной памяти.
  • MRview
простая программа.

Можно смотреть на экране по очереди в трёх срезах: Axial, Coronal, Sagittal. Преимущество в том, что потребляет примерно 3.5 Гб оперативной памяти. С процессором двух ядерным, с кэш памятью 2мб - работает быстро. В Роса не устанавливается.

turik02
Сообщения: 250
Зарегистрирован: 01 июн 2022, 13:47
Operating system: ROSA FRESH GNOME 12.4 x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение turik02 » 02 янв 2024, 13:36

Артур_М, В репозитории ROSA есть:
Amide - кроссплатформенный GTK+ инструмент для просмотра, регистрации и анализа объемных наборов данных медицинской визуализации (только он не запускается, пишет в терминале "стёк памяти сброшен". Попросите починить, она есть и в ALT Linux),
XMedcon - это инструментарий и библиотека с открытым исходным кодом для преобразования медицинских изображений, разработанная в основном для преобразования реконструированных ядерных медицинских изображений. (ярлык не создаётся, запуск через usr/bin),
Aeskulap — это программа просмотра медицинских изображений, созданная как альтернатива коммерческим программам просмотра DICOM с открытым исходным кодом и основанная на glademm, gtkmm и gconfmm (известный).

Может есть ещё что-то https://yandex.ru/search/?text=mrviewer ... 87&win=623
Онлайн просмотрщик DICOM Viewer https://www.dicomlibrary.com/ работает.
Последний раз редактировалось turik02 02 янв 2024, 22:03, всего редактировалось 3 раза.

turik02
Сообщения: 250
Зарегистрирован: 01 июн 2022, 13:47
Operating system: ROSA FRESH GNOME 12.4 x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение turik02 » 02 янв 2024, 14:34

Артур_М, А Weasis можно поставить через flathub https://flathub.org/apps/io.github.nroduit.Weasis
(Для смены языка программы выберите пункт меню «File» - «Preferences...», в открывшемся окне настроек откройте пункт General – Language и выберите из списка необходимый язык). (Работает в Xorg).

sudo dnf install flatpak

flatpak install https://dl.flathub.org/repo/appstream/i ... flatpakref

и перезагрузка

Ещё есть в shap https://snapcraft.io/jimbodicomviewer

Аватара пользователя
Sartorius
Сообщения: 497
Зарегистрирован: 02 ноя 2016, 20:39
Operating system: ROSA Fresh Desktop 12.2
Откуда: Из нашей Галактики

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Sartorius » 02 янв 2024, 23:36

Артур_М писал(а):
02 янв 2024, 07:27
В ней можно одновременно в трёх срезах смотреть снимок. Возможно вы неправильно пользуетесь программой. Выше я написал, как загрузить

Загрузил файл в программу:
File → Open Dicom → выбрал файл.
2D Viewer → Open in new tab → MPR
Вы имеете ввиду единичный файл, а я подразумеваю серию томограмм, размещённых в одной папке (директории).
AMD FX-8350/ASUS SABERTOOTH 990FX/ASUS GTX-950/8 Gb RAM
"Боинг... [CENSORED], не летит... то ли шимпанзе, которую посадили за штурвал не выспалась, то ли гориллу надо было сажать. Но нет... это что-то с Боингом не так..." (с)

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 03 янв 2024, 04:55

turik02 писал(а):
02 янв 2024, 13:36
Артур_М, В репозитории ROSA есть:
Amide - кроссплатформенный GTK+ инструмент для просмотра, регистрации и анализа объемных наборов данных медицинской визуализации (только он не запускается, пишет в терминале "стёк памяти сброшен". Попросите починить, она есть и в ALT Linux),
XMedcon - это инструментарий и библиотека с открытым исходным кодом для преобразования медицинских изображений, разработанная в основном для преобразования реконструированных ядерных медицинских изображений. (ярлык не создаётся, запуск через usr/bin),
Aeskulap — это программа просмотра медицинских изображений, созданная как альтернатива коммерческим программам просмотра DICOM с открытым исходным кодом и основанная на glademm, gtkmm и gconfmm (известный).

Может есть ещё что-то https://yandex.ru/search/?text=mrviewer ... 87&win=623
Онлайн просмотрщик DICOM Viewer https://www.dicomlibrary.com/ работает.
Здравствуй turik02
  • Amide - не видит мой dicom файл.
  • XMedcon запустил из usr/bin, не видит мой dicom файл.
  • Aeskulap - открывает файл, но можно смотреть только Axial срез.
  • MRview - есть только deb пакет. Попробую позже преобразовать в rpm.
  • https://www.dicomlibrary.com/ для просмотра нужно загрузить мой файл на их сервер, а он весит 2гб. Сейчас не могу проверить работает ли на их сайте, так как у меня нет столько мегабайтов.
Последний раз редактировалось Артур_М 07 янв 2024, 03:38, всего редактировалось 1 раз.

turik02
Сообщения: 250
Зарегистрирован: 01 июн 2022, 13:47
Operating system: ROSA FRESH GNOME 12.4 x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение turik02 » 03 янв 2024, 23:40

Артур_М, Вот ещё aliza https://flathub.org/apps/com.github.Ali ... ng.AlizaMS

А MRview что ли это https://disk.yandex.ru/d/DS_DQSfHRB7G5g

irton
Сообщения: 647
Зарегистрирован: 30 окт 2021, 04:17
Operating system: Rosa Fresh Xfce

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение irton » 04 янв 2024, 05:02

mrview3 собрал для платформы 2021.1 и 2023.1
2016.1 уже не поддерживаем.

Аватара пользователя
Sartorius
Сообщения: 497
Зарегистрирован: 02 ноя 2016, 20:39
Operating system: ROSA Fresh Desktop 12.2
Откуда: Из нашей Галактики

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Sartorius » 04 янв 2024, 15:47

irton писал(а):
04 янв 2024, 05:02
mrview3 собрал для платформы 2021.1 и 2023.1
А ссылочку можно? Или она уже добавлена в "репы"?
AMD FX-8350/ASUS SABERTOOTH 990FX/ASUS GTX-950/8 Gb RAM
"Боинг... [CENSORED], не летит... то ли шимпанзе, которую посадили за штурвал не выспалась, то ли гориллу надо было сажать. Но нет... это что-то с Боингом не так..." (с)

turik02
Сообщения: 250
Зарегистрирован: 01 июн 2022, 13:47
Operating system: ROSA FRESH GNOME 12.4 x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение turik02 » 04 янв 2024, 19:36

Sartorius, Уже в репах. Имя
mrtrix3 (версия 3.0.4)

У меня платформа 2021.1. Конфликтует с cdrkit-genisoimage .Удалил его и mrtrix3 установился.

irton
Сообщения: 647
Зарегистрирован: 30 окт 2021, 04:17
Operating system: Rosa Fresh Xfce

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение irton » 05 янв 2024, 03:55

Да конфликт есть, но прога собирается нестандартно и я пока не придумал как разрулить конфликт. Сами разработчики пишут что типа ставьте из архива, а потом каталог в котором программа добавляйте в PATH.

Upd. Конфликт пофиксили, должно ставится нормально

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 07 янв 2024, 04:06

turik02 писал(а):
02 янв 2024, 14:34
Сообщение turik02 » 02 янв 2024, 14:34

Артур_М, А Weasis можно поставить через flathub https://flathub.org/apps/io.github.nroduit.Weasis
(Для смены языка программы выберите пункт меню «File» - «Preferences...», в открывшемся окне настроек откройте пункт General – Language и выберите из списка необходимый язык). (Работает в Xorg).

sudo dnf install flatpak

flatpak install https://dl.flathub.org/repo/appstream/i ... flatpakref

и перезагрузка

Ещё есть в shap https://snapcraft.io/jimbodicomviewer
turik02 установил через flatpak
flatpak install flathub io.github.nroduit.Weasis
Перегрузил компьютер.
Без изменений. Sagittal срез не открыл.

Программа jimbodicomviewer. Для скачивания, только deb пакеты, rpm - нет.

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 07 янв 2024, 04:37

turik02 писал(а):
04 янв 2024, 19:36
Sartorius, Уже в репах. Имя
mrtrix3 (версия 3.0.4)

У меня платформа 2021.1. Конфликтует с cdrkit-genisoimage .Удалил его и mrtrix3 установился.
У меня в репозитории mrtrix3 нет.
urpmi.update -a
Откуда можно скачать программу?

nickm
Сообщения: 313
Зарегистрирован: 31 май 2016, 07:08
Operating system: ROSA Fresh 2023.1

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение nickm » 07 янв 2024, 08:07

Артур_М писал(а):
31 дек 2023, 19:55
У меня установлен Rosa_mate_R11
Артур_М писал(а):
07 янв 2024, 04:37
У меня в репозитории mrtrix3 нет.
irton писал(а):
04 янв 2024, 05:02
2016.1 уже не поддерживаем.

turik02
Сообщения: 250
Зарегистрирован: 01 июн 2022, 13:47
Operating system: ROSA FRESH GNOME 12.4 x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение turik02 » 07 янв 2024, 12:14

Артур_М, Попробуй https://disk.yandex.ru/d/DS_DQSfHRB7G5g

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 07 янв 2024, 13:45

Непрочитанное сообщение turik02 » 07 янв 2024, 12:14

Артур_М, Попробуй https://disk.yandex.ru/d/DS_DQSfHRB7G5g
Изображение

Изображение
Вложения
Снимок_экрана_ в_2024.png
Снимок.png
Последний раз редактировалось Артур_М 07 янв 2024, 13:59, всего редактировалось 1 раз.

turik02
Сообщения: 250
Зарегистрирован: 01 июн 2022, 13:47
Operating system: ROSA FRESH GNOME 12.4 x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение turik02 » 07 янв 2024, 14:49

Артур_М, Вот из репы ROSA2021.1 https://disk.yandex.ru/d/JaJGM-kG4TUovA

Если не установится RPM, то надо переустанавливать ОС. Уже готовится 2023.1

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 07 янв 2024, 15:01

Артур_М, Вот из репы ROSA2021.1 https://disk.yandex.ru/d/JaJGM-kG4TUovA
Нужно удалить зависимости, которые мне нужны, для работы других программ.

Можно в Роса обновить платформу с 2016 до 2021?
В ubuntu например, можно обновить. При этом не нужно повторно устанавливать, установленные программы и настройки.

irton
Сообщения: 647
Зарегистрирован: 30 окт 2021, 04:17
Operating system: Rosa Fresh Xfce

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение irton » 07 янв 2024, 17:47

2016 до 2021 обновить нельзя. Только переустановка.

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 09 янв 2024, 08:22

На официальном сайте загрузки

Код: Выделить всё

https://rosa.ru/rosa-linux-download-links/
нет Роса mate 12 платформы.
А тут

Код: Выделить всё

https://abf.rosalinux.ru/platforms/rosa2021.1/products/317
есть. Это официальный сайт?

irton
Сообщения: 647
Зарегистрирован: 30 окт 2021, 04:17
Operating system: Rosa Fresh Xfce

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение irton » 09 янв 2024, 12:04

Артур_М писал(а):
09 янв 2024, 08:22
нет Роса mate 12 платформы.
официально mate не выпускается.
Артур_М писал(а):
09 янв 2024, 08:22
Это официальный сайт?
это сайт сборочной системы, просто кто-то сделал сборку с mate на основе репозитария Роса

зы. Если разговор сменился на "где взять сборки" то лучше отдельной темой в соответствующем разделе.

turik02
Сообщения: 250
Зарегистрирован: 01 июн 2022, 13:47
Operating system: ROSA FRESH GNOME 12.4 x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение turik02 » 10 янв 2024, 03:17

Артур_М, Наверное лучше будет сборка ROSA mate 13 платформы уже https://abf.io/platforms/rosa2023.1/products/417

А почему именно mate? Чем плохи другие, если нужна легковеска, то можно выбрать LXQT или XFCE.
Можно скачать образ с оф. сайта, сделать флешку загрузочной, запустить и выбрать LIVE. И сможете ознакомиться с системой перед установкой.

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 10 янв 2024, 06:17

irton, спасибо за ссылку 13 платформы, но я уже скачал 12 платформу. Вообще меняю платформу, что бы работала программа mrtrix3 и Weasis.
А почему именно mate?
Потому, что её можно настроить, что бы стала похожей на ubuntu 10.04 c рабочей средой Gnome2. Для меня это самая понятная рабочая среда и легковесная.
Когда перестала поддержка Gnome2, я перешёл на рабочую среду mate.

Артур_М
Сообщения: 62
Зарегистрирован: 07 янв 2019, 11:54
Operating system: ROSA.FRESH.MATE.R11.x86_64

Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)

Сообщение Артур_М » 15 янв 2024, 08:28

turik02 » 10 янв 2024, 03:17

Артур_М, Наверное лучше будет сборка ROSA mate 13 платформы уже https://abf.io/platforms/rosa2023.1/products/417
Скачал здесьhttps://abf.io/platforms/rosa2023.1/pro ... ists/49520
Устанавливается, только с консоли.
Скачал ROSA_2021.1_MATE_x86_64 здесь https://abf.rosalinux.ru/platforms/ros ... sts/49532
и установил

Программа mrtrix3 установилась и работает. Одновременно можно снимки смотреть в трёх срезах.
Проблема решена.
Спасибо.

Ответить

Вернуться в «Обсуждение ROSA Fresh R9-R11.1 (платформа 2016.1)»