Обновление языка программирования R

[Diplodok]

Здравствуйте.
Версия R, загружаемая из репозитория устарела, она от 2020 года:

Код: Выделить всё

platform       x86_64-rosa-linux-gnu       
arch           x86_64                      
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          4                           
minor          0.3                         
year           2020                        
month          10                          
day            10                          
svn rev        79318                       
language       R                           
version.string R version 4.0.3 (2020-10-10)
nickname       Bunny-Wunnies Freak Out

Последняя версия R - 4.3.2. Старая версия не поддерживает необходимые для работы пакеты.
Прошу обновить программу до последней версии. Впрочем, буду признателен если подскажите как сделать это самостоятельно.

[irton]

Старая версия не поддерживает необходимые для работы пакеты.

какие?

[Diplodok]

Старая версия не поддерживает необходимые для работы пакеты.

какие?

doBy
Выдает следующее:

Код: Выделить всё

Предупреждение:
package ‘doBy’ is not available for this version of R
‘doBy’ version 4.6.20 is in the repositories but depends on R (>= 4.1.0)

[irton]

попробуйте отсюда пакеты https://abf.io/build_lists/4840057
если поможет, опишите сюда обязательно.

[Diplodok]

опишите сюда обязательно.

Спасибо за быстрый ответ. Все пакеты, кроме одного, установились:

Код: Выделить всё

> version
               _                           
platform       x86_64-rosa-linux-gnu       
arch           x86_64                      
os             linux-gnu                   
system         x86_64, linux-gnu           
status                                     
major          4                           
minor          3.2                         
year           2023                        
month          10                          
day            31                          
svn rev        85441                       
language       R                           
version.string R version 4.3.2 (2023-10-31)
nickname       Eye Holes

Проблема возникла только с этим пакетом: R-4.3.2-1.src.rpm - не устанавливается без объяснения причин.

Код: Выделить всё

admin-1@rosa2021 ~ $ sudo dnf install /home/admin-1/Загрузки/R-4.3.2-1.src.rpm
[sudo] пароль для admin-1: 
Последняя проверка окончания срока действия метаданных: 0:21:10 назад, Вт 28 ноя 2023 08:41:23.
Ошибка: RPM-пакет с исходным кодом не будет установлен (R-4.3.2-1.src).

Вероятно этот неустановившийся пакет является критичным, потому что теперь на любой запрос к CRAN, программа выдает следующее:

Код: Выделить всё

> install.packages('gclus')
Устанавливаю пакет в ‘/home/admin-1/R/x86_64-rosa-linux-gnu-library/4.3’
(потому что ‘lib’ не определено)
Предупреждение: недоступен индекс для хранилища https://cran.wu.ac.at/src/contrib:
  средства Интернет не могут быть загружены

При том что в браузере это хранилище загружается, да и смена зеркал не дает результатов.

[irton]

src.rpm это пакет со спеком и исходниками, он не используется, но из него можно заново собрать программу внеся свои изменения например.

Меня больше интересует работоспособность, работает ли то, что нужно Вам?

[Diplodok]

Меня больше интересует работоспособность, работает ли то, что нужно Вам?

1. не работает команда "install.packages()" - выше уже описал: программа не может подключиться к зеркалам для скачивания пакетов.
2. пакет "doBy" (это не единственный пакет, который мне нужен) попытался установить напрямую через tar.gz архив - тоже не устанавливается.

По итогу стало еще хуже чем было.

[irton]

недоступен индекс для хранилища https://cran.wu.ac.at/src/contrib:

ну тут я незнаю почему он так, это же не сама команда не работает, а с хранилищем не может связаться правильно.

гугл вот что-то советует для похожего случая https://community.rstudio.com/t/install ... http/16578

[Diplodok]

незнаю почему он так,

Откатил систему назад, переустановил снова все по Вашей ссылке. Теперь на попытку установить пакет выдает следующее:

Код: Выделить всё

> install.packages("gclus")
Устанавливаю пакет в ‘/home/admin-1/R/x86_64-rosa-linux-gnu-library/4.3’
(потому что ‘lib’ не определено)
--- Пожалуйста, выберите зеркало CRAN для использования в этой сессии ---
Предупреждение: не удалось скачать файл зеркал (средства Интернет не могут быть загружены); использую локальный файл '/usr/share/doc/R/CRAN_mirrors.csv'
Предупреждение: недоступен индекс для хранилища https://ftp.belnet.be/mirror/CRAN/src/contrib:
  средства Интернет не могут быть загружены
Предупреждения:
1: В download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) :
  не могу загрузить разделяемый объект '/usr/lib64/R/modules//internet.so':
  /usr/lib64/R/modules//internet.so: undefined symbol: curl_easy_getinfo
2: package ‘gclus’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

То есть какая-то проблема с этой штукой: /usr/lib64/R/modules//internet.so
Попытался гуглить эту тему, но сам не смог разобраться - не мой уровень.
P.S. за приведенную Вами выше ссылкой воспользовался, но не помогло.

[irton]

undefined symbol: curl_easy_getinfo

систему то надо обновить, особенно libcurl

[Diplodok]

систему то надо обновить, особенно libcurl

Это пробовал уже. curl у меня последней версии:

Код: Выделить всё

admin-1@rosa2021 ~ $ curl --version
curl 8.4.0-DEV (x86_64-rosa-linux-gnu) libcurl/8.4.0-DEV OpenSSL/1.1.1w zlib/1.2.11 c-ares/1.19.1 libidn2/2.3.3 libssh/0.9.6/gnutls/zlib nghttp2/1.58.0 OpenLDAP/2.4.59

[va9(2)]

/usr/lib64/R/modules//internet.so

Два слеша подряд, может в этом проблема?

[irton]

Не, слеши не влияют, в libcurl эта функция, на которую ругается, есть. Я проверил.

[Diplodok]

Я проверил.

Можно что-нибудь сделать?

[irton]

да исправлю

[irton]

https://abf.io/build_lists/4849068 вот отсюда попробуйте

[Diplodok]

вот отсюда попробуйте

Блеск, проблема с доступом в Интернет решена. Спасибо большое.

[irton]

Проверьте что ставятся и работают нужные модули.

[Diplodok]

Проверьте что ставятся и работают нужные модули.

Пакеты установились. Еще раз спасибо.

[Diplodok]

работают нужные модули

Снова здравствуйте. Выплыла проблема с графиками: не отображается русская кодировка:

https://disk.yandex.ru/i/wxK6FixatqU1Dg

[irton]

Ну тут я уже незнаю. кто в R за кодировку отвечает и как в нем с юникодом дела мне неизвестно. Может шрифт поменять просто.

[Diplodok]

Ну тут я уже незнаю.

Хорошо, буду думать.